农村自建房房产证不影响在外地购房的。但有一点要清楚在外地购房也不属于首套住房了，因为你在农村有一套住房了，在外地购房属于致善居住条件才购房的，首套住房和二套住房国家一在贷款方面利率也不一样的，用公积金贷款制辛不一样，假如不用贷款交全款那就设有啥区别了。

不影响的，只要你城里没有房子

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